L’église de St Jean est le seul témoin d’un prieuré bénédictin qui occupait le plateau et qui s’appelait St-Jean-sur-St-Maurice. Ce prieuré dépendait de St-Michel de l’Écluse (près de Suze en Piémont). Le prieur nommé par l’abbé de St-Michel jouissait de droits féodaux : moyenne et basse justice sur les tenanciers dépendant du prieuré, nomination aux cures de St-Maurice et de Cordelle et enfin, perception de la dîme sur la paroisse de St-Maurice, sur une partie des paroisses de Villemontais et de Cordelle. La suppression des privilèges et des droits féodaux en 1789 devait porter un coup fatal au prieuré : ses biens ont été placés sous séquestre puis mis en vente en plusieurs lots, les religieux dispersés et les bâtiments conventuels démolis. C’est sur ses terres que le village de St-Jean s’est bâti.

L’église, a été reconstruite au milieu du XIX ème siècle par l’architecte Bonnard en s’appuyant sur les murs de l’église du prieuré (sauf le chœur qui a été agrandi) et en gardant le pavage ancien. Les verrières hautes et élégantes portent des vitraux dessinés par Pagnon. Par ailleurs on peut admirer dans l’église deux statues, l’une représente la Vierge, l’autre Saint Jean Baptiste, œuvres du sculpteur Forézien Bonnassieux. L’édifice a été construit en arrière du clocher-porche du XII ème siècle qui n’a pas été touché lors de cette restauration.